Choć zabieg przeszczepiania włosów może być wykonywany u osób w każdym wieku, nawet u dzieci to niekiedy nie powinien on być wykonywany.

Przeciwwskazania do zabiegu to przede wszystkim różnego rodzaju choroby skóry głowy (stany zapalne lub ropne), bądź też ciężkie choroby ogólnoustrojowe (m.in cukrzyca, choroby układu krążenia), ogólne wyniszczenie organizmu czy też zachwianie odporności spowodowane np. przyjmowanymi lekami. Zabieg nie powinien też być wykonywany u osób z zaburzeniami krzepnięcia krwi i po zawałach mięśnia sercowego a także w przypadku uczulenia na środki znieczulające.

Oczywiście przeprowadzenie prawidłowego zabiegu jest niemożliwe w przypadku braku odpowiednich miejsc dawczych czyli miejsc owłosionych ze zdrowymi włosami. Może to mieć miejsce w przypadku silnie rozwiniętej łysiny plackowatej bądź też w przypadku łysiny całkowitej.

Przeszczep włosów nie jest zazwyczaj zalecany u osób bardzo młodych, przedwcześnie dotkniętych łysieniem androgenowym. U tych osób bowiem trudno jest przewidzieć przebieg procesu łysienia. Zabieg przeszczepienia włosów powinien uwzględniać dłuższą perspektywę naturalnego procesu utraty włosów. Taki pacjent rokuje zazwyczaj na rozległą utratę włosów w przyszłości. Nie wiadomo, czy w krótkim czasie po zabiegu nie nastąpi dalsza intensywna utrata włosów, w której obliczu wcześniejszy, kosztowny zabieg nie będzie miał większego sensu.

Zabieg przeszczepu nie jest zbyt często stosowany u kobiet mimo, że nie istnieją szczególne przeciwwskazania. Powodem jest fakt, że kobiety zazwyczaj są podatne na inne metody leczenia.

Tak samo jak w przypadku każdej ingerencji chirurgicznej, zabieg transplantacji włosów może prowadzić do różnego rodzaju skutków ubocznych – np. bóle czy niedokrwienie miejsc gdzie był wykonywany zabieg.

Jednakże wraz z ciągłym wprowadzaniem coraz doskonalszych metod przeprowadzania zabiegów, ryzyko powstania poważniejszych skutków ubocznych znacznie maleje. Dodatkowo aby zminimalizować takie ryzyko należy kłaść nacisk na miejsce wykonywanego zabiegu, konsultować swój wybór unikając gabinetów, o których opinie nie są nam znane. Skutkiem niefachowego przeprowadzenia przeszczepu mogą być blizny, na przykład z tyłu głowy w miejscu pobrania włosów do przeszczepu. Często przez pewien czas utrzymuje się uczucie nieprzyjemnego napięcia skóry w miejscu pobrania.

Rzadko przeszczep włosów wiąże się z poważniejszymi dolegliwościami bólowymi. Zazwyczaj jednak liczyć się trzeba z uczuciem pewnego dyskomfortu, pieczenia zarówno w czasie samego zabiegu jak też bezpośrednio po nim. Jeżeli występują po zabiegu bóle głowy wówczas stosowane są leki o działaniu przeciwzapalnym. Standardowo podaje się też szereg innych środków m.in. przeciwobrzękowych i antybiotyków.

W wyniku operacyjnego urazu może niekiedy występować dość silny obrzęk skóry m.in. w okolicy czoła. W tym wypadku zaleca się stosowanie zimnych okładów jednak nigdy nie bezpośrednio na przeszczepione włosy.